Bei der Wahl des Dateiformates zum Archivieren der addierten Rohbilder oder für Zwischenergebnisse aus Giotto oder Registax gibt es einige Dinge zu beachten. Um zu verstehen welches Dateiformat sinnvoll ist sollte man wissen wie die Daten im Arbeitspuffer von Giotto vorliegen. Jedes einzelne Bild aus einem Video oder einer BMP-Bildersequenz kann maximal 24Bit Farbtiefe haben, das bedeutet daß jeder Farbkanal eine Helligkeitsauflösung von maximal 8Bit besitzt (8Bit bei 3 Farbkanälen = 24Bit). Giotto arbeitet intern mit einer höheren Auflösung. Wenn man die Bilder nun in Giotto addiert (eigentlich werden die Bilder gemittelt) erhöht sich die maximale Helligkeitsauflösung pro Farbkanal auf bis zu 16Bit. Wenn man das Bild dann sofort in Giotto/Registax filtert und dann im BMP oder JPG-Format speichert gibt es eigentlich keine Probleme. Aber wenn man das Rohsummenbild speichern will um es später zu bearbeiten sollte man ein Bildformat wählen welches die 16Bit pro Farbkanal auch aufnehmen kann. JPEG und BMP fallen hier schon mal aus, weil diese nur 8Bit pro Farbe speichern können. Wenn man dennoch diese Formate verwendet verliert man wertvolle Bildinformationen bei geringen Kontrastunterschieden. Im ungefilterten Bild sieht man von diesen Verlusten zunächst einmal nichts, aber sobald man versucht die Summenbilder in Giotto zu laden und zu filtern kommen unschöne Bildstörungen zum Vorschein, die sich oftmals als ringschalenförmige Farbabstufungen bemerkbar machen. Bei dem JPEG-Format ist es sogar noch schlimmer, weil hier das Bild verhältnismäßig stark komprimiert wird, und zwar verlustbehaftet!

Sinnvoll ist es also zum speichern von Rohsummenbildern das FITS-Format zu verwenden. Allerdings hat das FITS-Format auch seine Nachteile: nur wenige Bildbearbeitungsprogramme können diese Bilder öffnen, und wenn die Bilder geöffnet werden können dann meist nur als Graustufenbild.
Als Alternative bietet Giotto noch die Möglichkeit die Bilder als 16Bit-TIFF zu speichern. Dieses Bildformat speichert 16Bit pro Farbkanal und die Bilder sind in vielen Bildbearbeitungsprogrammen in Farbe ladbar, ebenso werden sie von einigen Bildanzeigeprogrammen unterstützt. Das einzige was man tun muss ist in Giotto das TIFF-Format auf 16Bit umstellen, das geschieht im Menü "Datei -> Grafikformate..." und dort stellt man folgendes ein: